Transcription gen secara diferensial adalah salah satu cara pengaturan ekspresi gen diferensial di mana hanya gen-gen tertentu yang akan disalin menjadi RNA. Ini berarti bahwa hanya sebagian gen yang akan mengalami proses transkripsi menjadi RNA, sementara gen lainnya tidak. Pilihan lain, seperti pemrosesan RNA secara selektif, translasi mRNA secara selektif, dan modifikasi protein secara diferensial, tidak menjelaskan konsep ini dengan tepat.