Bioinformatika - Proteiny
Test z proteinů - odpovědi bez záruky
- 1.
Co představují řádky v mnohonásobném sekvenčním přiložení
- A.
Sekvenční podobnosti
- B.
Sekvenční identity
- C.
Pozice aminokyselinových zbytků
- D.
Sekvence
Correct Answer
D. Sekvence -
- 2.
Vyberte pravdivá tvrzení týkající se výsledků BLASTu
- A.
Výsledky s E-hodnotou
- B.
Výsledky BLASTu mohou z principu metody obsahovat max. 150 relevantních sekvencí
- C.
Vyhledávání pomocí BLAST algoritmu je k dispozici v řadě databází
- D.
Výsledky s E-hodnotou >100 jsou s vysokou pravděpodobností biologicky relevantní
Correct Answer(s)
A. Výsledky s E-hodnotou
C. Vyhledávání pomocí BLAST algoritmu je k dispozici v řadě databází -
- 3.
K čemu slouží predikce sekundární struktury?
- A.
Přiřazení jednoho ze stavů alfa-šroubovice, beta-řetězce, otočky, každému zbytku v proteinové sekvenci
- B.
Přiřazení jednoho konformačního stavu každému zbytku v proteinové sekvenci
- C.
Přiřazení řetězců v intermolekulárních aglomerátech
- D.
Přiřazení globálního prostorového uspořádání proteinové sekvenci
Correct Answer(s)
A. Přiřazení jednoho ze stavů alfa-šroubovice, beta-řetězce, otočky, každému zbytku v proteinové sekvenci
B. Přiřazení jednoho konformačního stavu každému zbytku v proteinové sekvenci -
- 4.
Které databáze NEPATŘÍ mezi strukturní klasifikační databáze?
- A.
CATH
- B.
GenBank
- C.
SCOP
- D.
UniProtKB
Correct Answer(s)
B. GenBank
D. UniProtKB -
- 5.
Která databáze obsahuje mnohonásobné přiložení?
- A.
Pfam
- B.
Scope
- C.
UniProtKB/Swiss-Prot
- D.
RCSB PDB
Correct Answer
A. Pfam -
- 6.
Jaké přesnosti dosahují současné metody pro předpověď sekundární struktury proteinů?
- A.
70-85%
- B.
30-40%
- C.
25%
- D.
40-55%
- E.
55-70%
Correct Answer
A. 70-85% -
- 7.
Které charakteristiky platí pro databázi InterPro?
- A.
řeší redundanci jednotlivých sekundárních databází
- B.
Zahrnuje téměř všechny dostupné sekundární databáze (PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, ...)
- C.
Je databází proteinových struktur
- D.
Je databází motivů a domén
Correct Answer(s)
A. řeší redundanci jednotlivých sekundárních databází
B. Zahrnuje téměř všechny dostupné sekundární databáze (PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, ...)
D. Je databází motivů a domén -
- 8.
Co je to terciární struktura proteinů?
- A.
Globální prostorové uspořádání polypeptidového řetězce
- B.
Lokální prostorové uspořádání polypeptidového řetězce
- C.
Aglomerát několika polypeptidových řetězců
- D.
Lineární sekvence aminokyselinových zbytků
Correct Answer
A. Globální prostorové uspořádání polypeptidového řetězce -
- 9.
K čemu slouží metoda navlékání (threading)?
- A.
Rozpoznání proteinového foldu
- B.
Předpověď protein-ligandových komplexů
- C.
Předpověď sekundární struktury proteinů
- D.
Předpověď konzervovanosti jednotlivých aminokyselinových zbytků
Correct Answer
A. Rozpoznání proteinového foldu -
- 10.
Vyberte správná tvrzení týkajísí se konsenzuální sekvence
- A.
Ukazuje četnost výskytu dané sekvence v databázi
- B.
Jedná se o 2D graf mnohonásobného sekvenčního přiložení
- C.
Reprezentuje mnohonásobné sekvenční přiložení
- D.
Ukazuje četnost výskytu aminokyselinových zbytků v každé pozici
Correct Answer(s)
C. Reprezentuje mnohonásobné sekvenční přiložení
D. Ukazuje četnost výskytu aminokyselinových zbytků v každé pozici -
- 11.
Identifikace templátu (příbuzného proteinu se známou 3D strukturou) je nezbytný krok v rámci metod
- A.
Homologního modelování
- B.
Ab initio předpovědi 3D struktur
- C.
Mnohonásobného sekvenčního přiložení proteinů
- D.
Párového sekvenčního přiložení proteinů
Correct Answer
A. Homologního modelování -
- 12.
Které charakteristiky odpovídají konstrukci mnohonásobného sekvenčního přiložení metodou MUSCLE?
- A.
Nejpoužívanější
- B.
Nepřesné a rychlé
- C.
Nepřesné a pomalé
- D.
Přesné a pomalé
- E.
Přesné a rychlé
Correct Answer
E. Přesné a rychlé -
- 13.
Jaké je využití mnohonásobného sekvenčního přiložení?
- A.
Citlivé prohledání sekvenčních databází
- B.
Identifikace konzervovaných zbytků
- C.
Predikce molekulární hmotnosti proteinů
- D.
Konstrukce kvalitního párového přiložení sekvencí
- E.
Ab initio predikce terciární struktury
Correct Answer(s)
A. Citlivé prohledání sekvenčních databází
B. Identifikace konzervovaných zbytků
D. Konstrukce kvalitního párového přiložení sekvencí -
- 14.
Vyberte správná tvrzení týkající se UniProtKB/Swiss-Prot databáze
- A.
Obsahuje pouze nekvalitní (strojové) anotace
- B.
Obsahuje kvalitní (manuální) anotace
- C.
Jedná se o primární úložiště DNA sekvencí
- D.
Je v ní možné nalézt a stáhnout proteinovou sekvenci ve FASTA formátu
Correct Answer(s)
B. Obsahuje kvalitní (manuální) anotace
D. Je v ní možné nalézt a stáhnout proteinovou sekvenci ve FASTA formátu -
- 15.
Výsledkem mnohonásobného přiložení sekvencí je
- A.
Predikce funkce analyzovaných sekvencí
- B.
Uspořádání sekvencí do pod sebou ležících řádků tak, aby odpovídající si zbytky ležely pod sebou
- C.
Vyhledání jedné nejvíce podobné sekvence v databázi
- D.
Fylogenetický strom
Correct Answer
B. Uspořádání sekvencí do pod sebou ležících řádků tak, aby odpovídající si zbytky ležely pod sebou -
- 16.
Co mohou implikovat konzervované sekvence vzorce sekvencí?
- A.
Biologickou funkci
- B.
Biologické vlastnosti
- C.
Molekulární evoluci
- D.
Proteinovou rodinu
Correct Answer
A. Biologickou funkci -
- 17.
K čemu slouží molekulární dokování?
- A.
Umisťování ligandů do vazebných míst receptorů, aktivních center nebo žlábků DNA
- B.
Predikce sekundární struktury proteinů
- C.
Predikce terciární struktury proteinů
- D.
Rozpoznání proteinového foldu
- E.
Predikce protein-ligandových komplexů
Correct Answer(s)
A. Umisťování ligandů do vazebných míst receptorů, aktivních center nebo žlábků DNA
E. Predikce protein-ligandových komplexů -
- 18.
Jaké jsou výhody řešení struktur nukleární magnetickou rezonancí (NMR)?
- A.
Analyzuje vzorek proteinových krystalů
- B.
Analyzuje vzorek v roztoku
- C.
řeší struktury do atomárního rozlišení
- D.
řeší struktury bez omezení velikosti molekul
Correct Answer(s)
B. Analyzuje vzorek v roztoku
C. řeší struktury do atomárního rozlišení -
- 19.
Které tvrzení o CASP jsou správná?
- A.
Umožňuje kritické a objektivní hodnocení
- B.
Organizátoři porovnají predikované a experimentální struktury
- C.
K hodnocení jsou využívány slepé predikce
- D.
Mezinárodní soutěž spolehlivosti predikčních metod
Correct Answer(s)
A. Umožňuje kritické a objektivní hodnocení
B. Organizátoři porovnají predikované a experimentální struktury
C. K hodnocení jsou využívány slepé predikce
D. Mezinárodní soutěž spolehlivosti predikčních metod -
- 20.
Jaké výhody poskytuje databáze PDBsum oproti databázi RCSB PDB?
- A.
PDBsum umožňuje stáhnout 3D strukturu proteinu
- B.
PDBsum slouží jako světový depozitář 3D struktur nukleových kyselin
- C.
PDBsum používá E.C. kódování
- D.
PDBsum poskytuje pro jednotlivé 3D struktury přehledný souhrn informací a detailní strukturní analýzy
Correct Answer
D. PDBsum poskytuje pro jednotlivé 3D struktury přehledný souhrn informací a detailní strukturní analýzy -
- 21.
Která databáze slouží jako světový depozitář struktur proteinů?
- A.
Pfam
- B.
RCSB PDB
- C.
UniProtKB
- D.
SCOP
- E.
PDBsum
Correct Answer
B. RCSB PDB -
- 22.
Vyberte způsoby, kterými je možné získat mnohonásobné sekvenční přiložení proteinů
- A.
Odvozením z topologie fylogenetického stromu
- B.
Konstrukcí za pomocí metod typu BLAST, FASTA,...
- C.
Stáhnutím předpočítaných přiložení z databáze, například z databáze Pfam
- D.
Konstrukcí pomocí některé z metod pro ab initio predikce 3D struktury proteinu
- E.
Konstrukcí za pomocí metod typu CLUSTALW, MUSCLE,...
Correct Answer(s)
C. Stáhnutím předpočítaných přiložení z databáze, například z databáze Pfam
E. Konstrukcí za pomocí metod typu CLUSTALW, MUSCLE,... -
- 23.
Čím se vyznačují automaticky vytvořené databáze?
- A.
Nízkou spolehlivostí
- B.
Vysokou pokryvností
- C.
Vysokou spolehlivostí
- D.
Nízkou pokryvností
Correct Answer(s)
A. Nízkou spolehlivostí
B. Vysokou pokryvností -
- 24.
Jak dlouhé zpravidla bývají motivy?
- A.
40 - 60 amk zbytků
- B.
10 - 20 amk zbytků
- C.
1000 - 1500 amk zbytků
- D.
40 - 300 amk zbytků
- E.
40 - 700 amk zbytků
Correct Answer
B. 10 - 20 amk zbytků -
- 25.
Jak dlouhé zpravidla bývají domény?
- A.
40 - 60 amk zbytků
- B.
10 - 20 amk zbytků
- C.
1000 - 1500 amk zbytků
- D.
40 - 300 amk zbytků
- E.
40 - 700 amk zbytků
Correct Answer
E. 40 - 700 amk zbytků -
Quiz Review Timeline +
Our quizzes are rigorously reviewed, monitored and continuously updated by our expert board to maintain accuracy, relevance, and timeliness.
-
Current Version
-
Dec 21, 2011Quiz Edited by
ProProfs Editorial Team -
Dec 18, 2011Quiz Created by
Jachymczech
Back to top