Bioinformatika - Proteiny

1. Čím se vyznačují automaticky vytvořené databáze?

nízkou spolehlivostí

vysokou pokryvností

vysokou spolehlivostí

nízkou pokryvností

Submit

2. Jaké přesnosti dosahují současné metody pro předpověď sekundární struktury proteinů?

70-85%

30-40%

25%

40-55%

55-70%

3. Co je to terciární struktura proteinů?

globální prostorové uspořádání polypeptidového řetězce

lokální prostorové uspořádání polypeptidového řetězce

aglomerát několika polypeptidových řetězců

lineární sekvence aminokyselinových zbytků

4. Co představují řádky v mnohonásobném sekvenčním přiložení

sekvenční podobnosti

sekvenční identity

pozice aminokyselinových zbytků

sekvence

5. Vyberte správná tvrzení týkající se UniProtKB/Swiss-Prot databáze

obsahuje pouze nekvalitní (strojové) anotace

obsahuje kvalitní (manuální) anotace

jedná se o primární úložiště DNA sekvencí

je v ní možné nalézt a stáhnout proteinovou sekvenci ve FASTA formátu

Submit

6. K čemu slouží metoda navlékání (threading)?

rozpoznání proteinového foldu

předpověď protein-ligandových komplexů

předpověď sekundární struktury proteinů

předpověď konzervovanosti jednotlivých aminokyselinových zbytků

7. Která databáze obsahuje mnohonásobné přiložení?

Pfam

Scope

UniProtKB/Swiss-Prot

RCSB PDB

8. Výsledkem mnohonásobného přiložení sekvencí je

predikce funkce analyzovaných sekvencí

uspořádání sekvencí do pod sebou ležících řádků tak, aby odpovídající si zbytky ležely pod sebou

vyhledání jedné nejvíce podobné sekvence v databázi

fylogenetický strom

9. Jak dlouhé zpravidla bývají motivy?

40 - 60 amk zbytků

10 - 20 amk zbytků

1000 - 1500 amk zbytků

40 - 300 amk zbytků

40 - 700 amk zbytků

10. Jak dlouhé zpravidla bývají domény?

40 - 60 amk zbytků

10 - 20 amk zbytků

1000 - 1500 amk zbytků

40 - 300 amk zbytků

40 - 700 amk zbytků

11. Které charakteristiky odpovídají konstrukci mnohonásobného sekvenčního přiložení metodou MUSCLE?

nejpoužívanější

nepřesné a rychlé

nepřesné a pomalé

přesné a pomalé

přesné a rychlé

12. Vyberte pravdivá tvrzení týkající se výsledků BLASTu

výsledky s E-hodnotou

výsledky BLASTu mohou z principu metody obsahovat max. 150 relevantních sekvencí

vyhledávání pomocí BLAST algoritmu je k dispozici v řadě databází

výsledky s E-hodnotou >100 jsou s vysokou pravděpodobností biologicky relevantní

Submit

13. Identifikace templátu (příbuzného proteinu se známou 3D strukturou) je nezbytný krok v rámci metod

homologního modelování

ab initio předpovědi 3D struktur

mnohonásobného sekvenčního přiložení proteinů

párového sekvenčního přiložení proteinů

14. Které databáze NEPATŘÍ mezi strukturní klasifikační databáze?

CATH

GenBank

SCOP

UniProtKB

Submit

15. Jaké jsou výhody řešení struktur nukleární magnetickou rezonancí (NMR)?

analyzuje vzorek proteinových krystalů

analyzuje vzorek v roztoku

řeší struktury do atomárního rozlišení

řeší struktury bez omezení velikosti molekul

Submit

16. K čemu slouží molekulární dokování?

umisťování ligandů do vazebných míst receptorů, aktivních center nebo žlábků DNA

predikce sekundární struktury proteinů

predikce terciární struktury proteinů

rozpoznání proteinového foldu

predikce protein-ligandových komplexů

Submit

17. Jaké výhody poskytuje databáze PDBsum oproti databázi RCSB PDB?

PDBsum umožňuje stáhnout 3D strukturu proteinu

PDBsum slouží jako světový depozitář 3D struktur nukleových kyselin

PDBsum používá E.C. kódování

PDBsum poskytuje pro jednotlivé 3D struktury přehledný souhrn informací a detailní strukturní analýzy

18. Která databáze slouží jako světový depozitář struktur proteinů?

Pfam

RCSB PDB

UniProtKB

SCOP

PDBsum

19. K čemu slouží predikce sekundární struktury?

přiřazení jednoho ze stavů alfa-šroubovice, beta-řetězce, otočky, každému zbytku v proteinové sekvenci

přiřazení jednoho konformačního stavu každému zbytku v proteinové sekvenci

přiřazení řetězců v intermolekulárních aglomerátech

přiřazení globálního prostorového uspořádání proteinové sekvenci

Submit

20. Které tvrzení o CASP jsou správná?

umožňuje kritické a objektivní hodnocení

organizátoři porovnají predikované a experimentální struktury

k hodnocení jsou využívány slepé predikce

mezinárodní soutěž spolehlivosti predikčních metod

Submit

21. Co mohou implikovat konzervované sekvence vzorce sekvencí?

biologickou funkci

biologické vlastnosti

molekulární evoluci

proteinovou rodinu

22. Jaké je využití mnohonásobného sekvenčního přiložení?

citlivé prohledání sekvenčních databází

identifikace konzervovaných zbytků

predikce molekulární hmotnosti proteinů

konstrukce kvalitního párového přiložení sekvencí

ab initio predikce terciární struktury

Submit

23. Vyberte způsoby, kterými je možné získat mnohonásobné sekvenční přiložení proteinů

odvozením z topologie fylogenetického stromu

konstrukcí za pomocí metod typu BLAST, FASTA,...

stáhnutím předpočítaných přiložení z databáze, například z databáze Pfam

konstrukcí pomocí některé z metod pro ab initio predikce 3D struktury proteinu

konstrukcí za pomocí metod typu CLUSTALW, MUSCLE,...

Submit

24. Vyberte správná tvrzení týkajísí se konsenzuální sekvence

ukazuje četnost výskytu dané sekvence v databázi

jedná se o 2D graf mnohonásobného sekvenčního přiložení

reprezentuje mnohonásobné sekvenční přiložení

ukazuje četnost výskytu aminokyselinových zbytků v každé pozici

Submit

25. Které charakteristiky platí pro databázi InterPro?

řeší redundanci jednotlivých sekundárních databází

zahrnuje téměř všechny dostupné sekundární databáze (PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, ...)

je databází proteinových struktur

je databází motivů a domén

Submit

Bioinformatika - Proteiny

1. Čím se vyznačují automaticky vytvořené databáze?

2.

What first name or nickname would you like us to use?

2. Jaké přesnosti dosahují současné metody pro předpověď sekundární struktury proteinů?

3. Co je to terciární struktura proteinů?

4. Co představují řádky v mnohonásobném sekvenčním přiložení

5. Vyberte správná tvrzení týkající se UniProtKB/Swiss-Prot databáze

6. K čemu slouží metoda navlékání (threading)?

7. Která databáze obsahuje mnohonásobné přiložení?

8. Výsledkem mnohonásobného přiložení sekvencí je

9. Jak dlouhé zpravidla bývají motivy?

10. Jak dlouhé zpravidla bývají domény?

11. Které charakteristiky odpovídají konstrukci mnohonásobného sekvenčního přiložení metodou MUSCLE?

12. Vyberte pravdivá tvrzení týkající se výsledků BLASTu

13. Identifikace templátu (příbuzného proteinu se známou 3D strukturou) je nezbytný krok v rámci metod

14. Které databáze NEPATŘÍ mezi strukturní klasifikační databáze?

15. Jaké jsou výhody řešení struktur nukleární magnetickou rezonancí (NMR)?

16. K čemu slouží molekulární dokování?

17. Jaké výhody poskytuje databáze PDBsum oproti databázi RCSB PDB?

18. Která databáze slouží jako světový depozitář struktur proteinů?

19. K čemu slouží predikce sekundární struktury?

20. Které tvrzení o CASP jsou správná?

21. Co mohou implikovat konzervované sekvence vzorce sekvencí?

22. Jaké je využití mnohonásobného sekvenčního přiložení?

23. Vyberte způsoby, kterými je možné získat mnohonásobné sekvenční přiložení proteinů

24. Vyberte správná tvrzení týkajísí se konsenzuální sekvence

25. Které charakteristiky platí pro databázi InterPro?